Для учёта расходов и доходов по проекту создайте специальную категорию. Например, #ремонт, #отпуск, #сайт. Решётка в начале помогает отличить проект от обычных категорий.

Помечайте категорией-проектом расходы дополнительно к основным категориям. Категорию-проект надо указывать второй. Например, Кафе и рестораны, #отпуск. Или: Дизайн, #сайт. 

Чтобы посмотреть аналитику по проекту: 

+ В мобильном приложении в "Отчете по категориям" в фильтре выберите категорию-проект и примените фильтр. 
+ В веб-версии zenmoney.ru в отчёте "Карта" аналитику по проекту можно построить при помощи user-скрипта: https://vk.com/wall-10423272_7836.